1、地下害虫危害。在育苗时地下害虫严重，比如蛴蜡类、蝼蛄类、金针虫类等地下害虫，它们主要危害幼苗的根部，以成、若虫咬食为害花椒苗的根，造成缺苗断垄。防治方法：在育苗期，苗圃要经过先整平，后深翻熟化，为预防蛴蜡类、蝼蛄类、金针虫类等地下害虫危害。整地时可以每亩撒施杀虫剂，之后浅耕耙匀，使得土壤疏松，地面平整。
2、立枯病。立枯病又名死苗，在幼苗出土后，病菌常常用根颈部侵入，再向幼根和幼茎扩展，使得幼苗倒伏，迅速枯死。幼苗木质化的茎干受害后，幼苗虽然不倒伏但是会出现立枯现象，而且幼苗茎干木质化抵抗力增强，受害的几率减少。防治方法：栽培前要选择好苗圃，土壤是病菌主要侵染源，一般长期栽培蔬菜的地块上，积累的病原较多，所以这类土地不宜选作苗圃地。同时在整地时撒施杀菌剂，减少病原基数，降低发病可能性。
3、水涝烂根。在地下水位高、排水不良、土壤黏重的苗圃地，常常会发生烂根现象，主要是因为积水后根部缺氧窒息引起的。开始会选择叶片变黄叶缘焦枯的现象，之后植株慢慢枯死，将枯死后的植株拔除，会发现大量的根系腐烂，伴有一股酸腐味道；防治方法：对于地下水位高、排水不良、的圃地，可以采取深沟高畦的育苗技术，控制积水，防止水涝。而对于土壤粘重的苗圃地，可以采取使用腐熟农家肥，增强土壤通透性，改良土壤结构的方法。
4、化肥烂根。苗木缺氮时，生长缓慢、长势衰弱、对于外界的抵抗力较弱，极易发生病害，而当施入大量氮肥是，植株内的碳、氮代谢的协调关系被破坏，苗木贪青徒长。而且角质层较薄，厚壁组织不发达，植株柔软多姿，根系在吸收过量化肥后，根颈部皮层会变黑，皮下木质部也变成黑褐色，严重时根系腐烂死亡；防治方法：因为氮肥偏多而引起烂根，要适当减少氮肥，注意氮磷钾的比例，以免苗木贪青徒长，提高抗病力。
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