处理包括三个方面。
1、认定：已办理税务登记的纳税人未按照规定的期限申报纳税，主管税务机关责令其限期改正逾期不改正，税源管理部门派员实地核查查无下落，并且无法强制其履行纳税义务的，经综合业务部门批准后认定为非正常户。主管税务机关暂停其税务登记证件、发票领购簿和发票的使用。
2、注销：对没有欠税且没有未缴销发票的纳税人，认定为非正常户超过两年的，税务机关可以注销其税务登记证件。
3、解除：认定为非正常户的纳税人前来履行纳税义务或被税务机关追查到案的，主管税务机关对其进行违章处理、流失发票缴销、欠税清缴后，在综合征管软件中进行非正常户解除处理。
注意：
主管税务机关在管户巡查过程中，将非正常户作为重点巡查对象，对清理巡查出来的非正常户，视具体情况进行处理。对存在偷税或虚开发票行为的，按照《税收征收管理法》等规定从严处理；对未发现偷税或虚开发票行为的，则对其未按期申报行为从重处罚。
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