1、南京大学是直属国家教育部的重点综合性大学，国家首批“211工程”建设高校，“985工程”重点建设高校，也是国内办学历史最悠久的高等学府之一。坐落在钟灵毓秀、虎踞龙蟠的六朝古都南京。
2、东南大学是中央直管、教育部直属的全国重点大学，是国家“985工程”和“211工程”重点建设的大学之一。学校座落在历史文化名城南京，主校区位于四牌楼2号，是六朝宫苑的遗址，也曾是明朝国子监所在地。
3、南京农业大学坐落于钟灵毓秀、虎踞龙蟠的古都南京，是一所以农业和生命科学为优势和特色，农、理、经、管、工、文、法学多学科协调发展的教育部直属全国重点大学。
还有南京航空航天大学 、南京理工大学、河海大学、中国矿业大学、南京邮电大学、苏州大学、南京财经大学、南京工业大学、江南大学、南京师范大学等。
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