1、名侦探柯南：计时引爆摩天楼：新一收到了来自世界知名建筑家——森谷教授于其宅邸举行的晚会的请帖。柯南、小兰和小五郎应邀出席。此即为事件的开端。此后发生了作为特殊火药的塑胶炸弹大量失窃的案件。那个自称凶手的男子打来预告电话，与柯南展开博弈。犯人再次向那里打电话。随后，凶手连续发来炸弹预告。城市陷入了恐慌。
2、名侦探柯南：瞳孔中的暗杀者：发生了警察官被接连杀害的案件。被杀的两人，都紧握警察手册。柯南偶然和该案件遭遇。小五郎试图共同解决案件，而白鸟刑警却说出了一句“Need not to know”（没有知道的必要）。这是警察内部用语，表明案件与警察内部相关。从警视厅得到的情报中得知，小兰的性命也会被盯上。
3、名侦探柯南：通往天国的倒计时：柯南与少年侦探团，来到西多摩市临近完工的日本第一高的双子塔大厦。这是最先进的高科技建筑，而在建设过程中，有可疑人物暗中活动。其后，在大楼内发生了第一起杀人案。在那附近，柯南目击到难以置信的东西。黑色的保时捷356A。并且灰原也开始与什么人秘密联系。
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