哈佛大学拥有11个研究生院、40多个系科、100多个专业的大型院校；
11所研究生院是：文理学院、商业管理学院、肯尼迪管理学院、设计学院、教育学院、法学院、神学院、医学院、牙医学院、公共卫生学院及大学扩展部；
哈佛大学著名的院系： 生物科学部、文理学院的生物化学与分子生物学系、计算机技术研究中心、地质学系、化学系、应用科学部等；
医学院的细胞与进化生物学系、生物化学系、微生物与分子遗传学系、神经生物学系、生物学与生物物理学系、免疫学委员会、药物学系、与MIT合建的健康科学部等，公共卫生学院的微生物学系；
设计学院的建筑系和设计专业、教育学院的管理、计划和社会政策专业，教学、课程和学术环境专业，人的发展、阅读和咨询心理专业等。
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