1、功效和作用不同。花椒：花椒属于芸香目芸香科下的花椒属植物，其果实呈圆形，绿豆大小，全株可做入药，可食用。胡椒：胡椒属胡椒目，胡椒科、胡椒属木质攀援藤本，果实为圆形的浆果，可食部仅仅为浆果。
2、外形不同。花椒：花椒虽说全株可食用，但是常用的是其果实的外皮，生时为青色，一柄多籽，成熟后为红色，籽黑色。 胡椒：胡椒的食用部仅仅是其浆果，可食部为期浆果的种子，生时为青色，成熟后取其籽为乳白色。
3、成分不同 花椒：花椒的主要调味成分是其含有的挥发性的烯类物质，包括柠檬烯、香桧烯、月桂烯、紫苏烯等。胡椒：胡椒的主要增香调味成分是其含有的植物碱和胺类成分，包括胡椒碱，胡椒酰胺，次胡椒酰胺，胡椒亭碱，胡椒油碱B，几内亚胡椒酰胺，假荜茇酰胺A等。
4、用途不同。花椒：花椒在调味品上合适任何食物，尤其是肉类和蔬菜类适量释放，香味浓郁，而在很多中药和偏方中也很常用，有温中散寒、开胃健脾、除湿止痛、驱虫杀菌、利尿消肿、止泻、治风湿等功效。胡椒：胡椒主要用在汤食的调味上，常见的鸡汤熟最佳搭配，而药用价值都体现在温热性上，具有温中散寒，增进食欲，治疗消化不良、寒痰、肠炎、支气管炎、感冒、风湿病等功效。
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